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Protocole pour le retrait des points d'arrêt de l'ADN ?


Existe-t-il une méthode pour effectuer un enrichissement déroulant des points de rupture de l'ADN à partir d'une cellule ? J'ai trouvé cet article rapportant une méthode pour enrichir les points de rupture d'ADN simple brin à partir d'événements de recombinaison méiotique :
Khil PP, Smagulova F, Brick KM, Camerini-Otero RD, Petukhova GV. 2012. Cartographie sensible des points chauds de recombinaison utilisant la détection basée sur le séquençage de l'ADNsb. Recherche sur le génome 22 : 957-65.

J'aimerais savoir s'il existe quelque chose comme ça qui fonctionnera sur n'importe quel état du cycle cellulaire, pas seulement sur la méiose.


L'article que vous citez dit que les points de rupture sont de l'ADN simple brin auquel sont liées des protéines spécifiques.

Je ne suis pas un expert ici, mais si c'est la cause des points de rupture méitotique, il existe des possibilités intéressantes pour les détecter :

vous pouvez les détecter avec un tableau de tuiles. - c'est un microarray qui a un oligomère toutes les 40 pb environ du génome. Le réseau pourrait être utilisé dans une expérience de cogénération qui détecte les mêmes protéines que dans cet article.

Il est possible que la puce puisse également hybrider l'ADN simple brin du génome si les conditions étaient réunies. Cela semble bruyant cependant.

Du côté bon marché, il pourrait être possible d'utiliser la PCR pour copier l'ADN simple brin à partir d'une préparation d'ADN chromosomique. si les oligos que vous utilisez sont marqués à la streptavidine, par exemple, vous pouvez l'isoler, le réamplifier et le séquencer à moindre coût.

n'importe lequel d'entre eux ressemble à un bon travail :)


La réponse est oui, non seulement méiotique, mais toute cassure double brin d'ADN sera détectée tant qu'elle sera traitée par recombinaison homologue. Cette méthode (SSDS) est basée sur la détection d'extrémités d'ADNsb réséquées au niveau des DSB. La seule différence pour les cassures mitotiques sera que vous ne pouvez pas utiliser d'anti-DMC1 pour ChIP. Au lieu de cela, vous devez utiliser anti-Rad51 ou anti-RPA dans ChIP.