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Identifier l'origine de réplication d'un *E non annoté. coli* plasmide


J'ai tenté quelques recherches pour une liste d'origines de réplication pour les plasmides dans E. coli, mais je n'ai pu trouver qu'une liste d'origines, mais pas leurs séquences individuelles. Les cartes plasmidiques disponibles sont souvent extrêmement vagues sur l'endroit où commencent ou se terminent exactement les origines, et de toute façon il serait extrêmement fastidieux de compiler une liste d'origines afin de déterminer l'origine exacte de réplication d'un plasmide.

Existe-t-il une base de données des origines de réplication disponible n'importe où qui permettrait d'effectuer des recherches BLAST sur la séquence plasmidique afin d'obtenir le groupe de compatibilité du plasmide, dans les cas où l'origine de réplication du plasmide n'est pas spécifiée ?


Plasmapper est assez bon pour reconnaître les origines communes de réplication. Vous devrez rechercher vous-même la compatibilité. C'est ce que j'utilise habituellement face à des plasmides non-nannotés.


Il doit y avoir de telles informations, car au laboratoire, nous utilisons le logiciel SnapGene, et il est capable de reconnaître les séquences Ori (et toutes les autres séquences). Puisqu'il s'agit d'un logiciel propriétaire, je doute qu'ils divulguent leur liste, mais d'autres pourraient avoir les mêmes informations.

Si vous avez vraiment besoin de trouver l'origine de votre plasmide, vous pouvez essayer la démo. Bonne chance!


Essaye ça. Je suggérerais également OriDB, car c'est précisément ce que vous avez demandé. Sortir les séquences pour un dynamitage facile peut être une corvée, selon.


Allez sur cette URL et cliquez sur l'origine pBR322 dans la carte. Ensuite, la séquence correspondante sera mise en évidence.

2248-2867 : pBR322_origine

2201 cccttaacgt gagttttcgt tccactgagc gtcagacccc gtagaaaaga 2250

2251 tcaaaggatc ttcttgagat cctttttttc tgcgcgtaat ctgctgcttg 2300

2301 caaacaaaaa aaccaccgct accagcggtg gtttgtttgc cggatcaaga 2350

2351 gctaccaact ctttttccga aggtaactgg cttcagcaga gcgcagatac 2400

2401 caaatactgt ccttctagtg tagccgtagt taggccacca cttcaagaac 2450

2451 tctgtagcac cgcctacata cctcgctctg ctaatcctgt taccagtggc 2500

2501 tgctgccagt ggcgataagt cgtgtcttac cgggttggac tcaagacgat 2550

2551 agttaccgga taaggcgcag cggtcgggct gaacgggggg ttcgtgcaca 2600

2601 cagcccagct tggagcgaac gacctacacc gaactgagat acctacagcg 2650

2651 tgagctatga gaaagcgcca cgcttcccga agggaaaag gcggacaggt 2700

2701 atccggtaag cggcagggtc ggaacaggag agcgcacgag ggagcttcca 2750

2751 gggggaaacg cctggtatct ttatagtcct gtcgggtttc gccacctctg 2800

2801 acttgagcgt cgatttttgt gatgctcgtc aggggggcgg agcctatgga 2850

2851 aaaacgccag caac

Vous pouvez trouver diverses séquences ori sur ce site.


Voir la vidéo: COMMENT IDENTIFIER LORIGINE DE TON COMBAT avec ARCHI BISHOP MAKO NZAMBI. Év. Jacques NKOTO (Janvier 2022).