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Logiciel de colonie de souris


Je suis à la recherche d'un bon programme de recensement des colonies de souris qui suit les souris que nous avons dans le laboratoire, le succès de reproduction des éleveurs, les lignées, l'accès à plusieurs utilisateurs, etc. Jackson Labs a un programme qui fait cela, mais il est lourd et un peu cher ( softmouse est également une option, bien que coûteuse). J'ai pensé que puisque la gestion des colonies est si omniprésente, il doit y avoir un bon logiciel pour gérer cela, mais la plupart n'ont pas eu de chance. Ce serait également formidable s'il s'agit d'un logiciel actuellement pris en charge qui n'est pas obsolète et gratuit ou vendu à un prix relativement bon marché. Merci.


Voici une liste de programmes qui pourraient fonctionner :

  • E-mouse Lab : http://e-mouselab.com, semble être le mieux adapté à vos besoins.
  • ZooEasy : http://standalone.zooeasy.com/en/pedigree-software/breeding-mice/breeders/index.html, Moins cher, bon pour la reproduction et les pedigrees.
  • LabGuru : http://www.labguru.com, semble très professionnel et idéal pour les spécimens de souris également.
  • MouseHouseApp : http://www.mousehouseapp.com, Il s'agit d'une application iPhone et iPad, donc ce serait bien dans le laboratoire, mais cela dépend si vous avez ou non un appareil iOS.

De plus, d'après ce que j'ai trouvé, Jackson Labs propose en fait des programmes gratuits de gestion des colonies de souris. Il semble que c'est lourd, mais aussi un excellent programme.

J'en rajouterai quand j'aurai le temps.


Logiciel de colonie de souris - Biologie

Logiciel de gestion de colonies de souris et base de données Internet - Améliorez la productivité, gérez les opérations quotidiennes, établissez des inventaires précis de vos colonies de souris et réduisez les coûts d'exploitation des souris, de l'élevage et de la recherche de votre laboratoire avec le logiciel de base de données de gestion des colonies de souris SoftMouse.NET.

  • Suivi de la reproduction et de l'entretien des colonies de souris
  • Enregistrement transparent des expériences sur souris
  • Création de documents électroniques
  • Fonctionnalités de gestion et de protection des données
  • Fonctionnalités administratives
  • Accès aux données et communication sur le Web
  • . et bien d'autres fonctionnalités

En utilisant la base de données de colonies de souris SoftMouse.NET, l'utilisateur n'a qu'à entrer les données d'enregistrement de sa souris une seule fois. Un avantage immédiat est que l'utilisateur a alors la possibilité d'afficher les mêmes données dans plusieurs vues en fonction de ce qu'il recherche. Les principales fonctionnalités de la base de données de gestion logicielle SoftMouse DB Mouse Colony ont été organisées pour fournir ces vues multiples sous la forme de divers tableaux et listes.

Le logiciel de gestion des colonies de souris SoftMouse.NET V4 propose des options pour le suivi des souris, des cages, du sevrage, de la reproduction et des colonies de souris/souris transgéniques et knock-out.

Rejoignez la communauté SoftMouse DB et découvrez les avantages d'utiliser un système de gestion de base de données relationnelle pour gérer votre recherche de colonies de souris.

Une création de compte d'ESSAI GRATUIT est nécessaire pour accéder à l'utilisation de SoftMouse DB.

Iseehear Inc. (ISH) est une société privée de logiciels et de bases de données Internet qui développe des solutions de gestion de données novatrices et exclusives pour la communauté de la recherche biomédicale. Les solutions informatiques d'Iseehear basées sur Internet fournissent la plate-forme et les technologies habilitantes, qui complètent les avancées de la recherche en génétique et en génomique et facilitent la capture, l'enregistrement, la protection et le stockage des données de recherche et de la propriété intellectuelle.


Système de gestion des colonies de souris

Après un vaste processus d'évaluation du logiciel avec la participation de tout le campus, l'UCSF a finalisé sa sélection d'un nouveau système de gestion des colonies de souris. Cette solution apportera une valeur significative au personnel de laboratoire dans la salle des souris et aux IP dans leurs efforts de planification.

L'UCSF compte environ 300 chercheurs principaux différents actuellement approuvés pour la recherche sur la souris à l'UCSF et 425 protocoles actifs de souris. Nos souris sont comme des patients à l'hôpital - elles doivent être suivies et manipulées individuellement. Le processus actuel est principalement basé sur la saisie manuelle, souvent des notes papier et crayonnées qui sont ensuite transférées dans une feuille de calcul Excel. Cela se traduit par un processus qui est lent, sujet aux erreurs, qui ne se prête pas à une gestion de l'information de qualité et qui détourne l'attention du travail précieux du personnel de la salle des souris et de leurs IP.

Les avantages de la nouvelle solution logicielle incluront :

  • Un outil de gestion des colonies disponible pour tout le personnel du laboratoire UCSF, livré sur tablette et ordinateur de bureau
  • Une consolidation des données de souris de l'investigateur pour une meilleure gestion des projets en laboratoire
  • Intégration avec les bases de données sur site et Industry Mouse et les systèmes UCSF associés, si l'enquêteur le souhaite
  • Plateforme d'analyse de pedigree
  • Vue fiable de l'utilisation par le laboratoire des ressources animales de laboratoire par l'investigateur
  • Amélioration des processus métier pour la qualité des données et le workflow
  • Économies de coûts (la visibilité permet des décisions axées sur la fiscalité)
  • Réduction des erreurs
  • Des souris plus prolifiques
  • Une plus grande visibilité sur les actifs de la colonie dans tous les laboratoires, si vous le souhaitez

Le projet entre en phase de conception. L'objectif est de publier la première version du logiciel pour les utilisateurs d'ici la fin de l'année civile.

Le projet est parrainé par le Comité de gouvernance informatique sur les technologies de recherche (CRT). Le projet est dirigé par un comité directeur du système de gestion des colonies de souris dont les membres sont :

  • Chris Allen, professeur adjoint, Institut de recherche cardiovasculaire et département d'anatomie, Faculté de médecine
  • Mark Anderson, professeur, Centre du diabète, Faculté de médecine
  • Jeff Bush, professeur adjoint, biologie cellulaire et tissulaire, faculté de médecine
  • Kathy Johnson, chef de projet informatique, Laboratory Animal Resource Center (LARC), Office of Research
  • Lewis Lanier, professeur et président, Département de microbiologie et d'immunologie, Faculté de médecine (Président du comité directeur)
  • Michael McManus, professeur agrégé, Centre du diabète, Faculté de médecine
  • James Wilkerson, directeur exécutif, Laboratory Animal Resource Centre (LARC), Bureau de la recherche

Pour plus d'informations, veuillez contacter Mara Fellouris au bureau de gestion du programme UCSF.


R/Biologie, Pouvez-vous m'aider à améliorer la gestion des colonies de souris ? S'il te plaît?

J'ai donc été récemment chargé de gérer la colonie de souris de mon laboratoire. J'ai également reçu la quête optionnelle (+5 points vers l'achèvement de la quête de promotion, ce qui donne +5 000 salaire et +3 avantages) d'amélioration de la base de données de la colonie.

Actuellement, les données sont consignées dans un classeur, dont les modifications sont ensuite transcrites dans un très gros fichier Excel, qui est à son tour imprimé sous une forme mise à jour et utilisé pour remplir le classeur. Ce processus est inefficace, complique au mieux le tri des données et ne se prête pas particulièrement aux alertes pour les actions à effectuer.

Mon PI a suggéré d'obtenir et d'utiliser un iPad pour éditer les données du fichier Excel dans les salles de la colonie, mais, même si j'aimerais un iPad, je ne pense pas que ce soit la solution. J'ai suggéré à mon tour, une tablette renforcée avec un lecteur de codes-barres inclus, comme celui utilisé dans les hôpitaux et dans des environnements similaires. Pour l'instant, cependant, la tarification n'a pas été déterminée et pourrait s'avérer prohibitive pour cette nouvelle méthode de saisie des données.

Quelle que soit la méthode physique de saisie des données utilisée, je souhaite également améliorer le stockage des données. Dans le passé, j'ai travaillé pour le musée Peabody, et j'ai utilisé un logiciel appelé eMu (musée électronique). Ce logiciel est à la fois profondément surpuissant pour cette application et un peu au-dessus de ma tête en ce qui concerne la configuration. Au lieu de cela, j'utilise l'accès, qui devrait bien fonctionner, une fois que j'aurai appris à concevoir correctement des bases de données.

Je me demandais si quelqu'un pouvait me donner des conseils, des paroles de sagesse, des mises en garde, etc. sur la gestion de leurs colonies d'animaux, ainsi que sur les logiciels et le matériel qu'ils utilisent.

tldr si vous gérez une colonie d'animaux en utilisant quelque chose de plus efficace que des tablettes de pierre gravées, veuillez nous en informer.

EDIT : Je m'inquiète donc moins pour le matériel que j'utiliserai et je veux me concentrer sur le logiciel de base de données. Comme plusieurs personnes l'ont mentionné, il existe de nombreux programmes de bases de données relationnelles soit génériques (comme FM pro, access, bento, etc.) Comme il y en a une douzaine conçues spécifiquement pour la gestion, et comme je ne veux pas installer 10 versions d'essai gratuites et passer 10 heures à travailler avec chaque programme, quelqu'un peut-il commenter le logiciel de BASE DE DONNÉES qu'il utilise et ses avantages / inconvénients ? Merci!


Pourquoi essayer SoftMouse ?

Scénario 1

« Monday Morning » en utilisant SoftMouse DB dans la Mouse House

J'ai commencé à saisir les nouvelles portées pour le laboratoire dans SoftMouse. Ma routine est d'aller dans les accouplements, de trouver l'accouplement et de cliquer sur Nouvelle portée, d'ajouter une date et de soumettre. Ensuite, je clique sur la nouvelle portée et j'ajoute mon commentaire sur ce qu'il faut faire avec cette nouvelle portée et j'appuie sur Enregistrer. Retournez aux accouplements et ajoutez la portée suivante, répétez. Terminé. Wow c'est toujours aussi rapide, j'adore !

Le vétérinaire est arrivé pour examiner les colonies. Elle est vraiment sympa. J'ai ouvert SoftMouse. Elle me demande ce que je fais. Je lui montre quelques notions de base de SoftMouse et lui dis que c'est pourquoi je suis si efficace dans mon travail. Je ne pourrais pas m'occuper de 43 lignes de souris aussi bien que je le fais sans SoftMouse. Elle est très impressionnée par le peu que je lui ai montré, mais plus important encore, elle est impressionnée par la façon dont j'utilise la base de données et ce qu'elle peut faire pour la gestion de ma colonie. Elle demande pourquoi tant de gens utilisent le logiciel à l'université « ça a l'air si génial ».

J'ai ensuite expliqué qu'avant SoftMouse, je passais une grande partie de mon temps à planifier ma semaine de travail, à faire des listes, à déchiffrer les informations des feuilles de calcul pour les projets et maintenant je peux calculer rapidement l'efficacité de la reproduction, mes listes sont générées pour moi dans SoftMouse et ma semaine de travail est prévu en 10 minutes.

SoftMouse devient toujours plus convivial, plus rapide et plus puissant pour voir la colonie virtuellement. Le groupe de chercheurs pour lequel je travaille a économisé des milliers de dollars en disposant d'une base de données à laquelle tout le monde peut accéder et planifier des expériences. Mon salaire est utilisé pour travailler dans la colonie, sans dupliquer les fichiers, essayer d'extraire les informations sur la colonie d'une feuille de calcul et passer beaucoup de temps à essayer de comprendre ce que signifient les informations contenues dans la feuille de calcul.

Visitez la base de données SoftMouse et découvrez les avantages de la gestion des colonies d'une maison de souris numérique dans le cloud mobile.

Scénario #2

Accédez à la liste des déchets dans SoftMouse DB. Les jeunes sevrés en retard ou dus sont ce que je marque aujourd'hui. Ils ont été sevrés par le personnel de la barrière et maintenant je vais les entrer dans le système, leur donner des numéros d'étiquette et les sevrer en fonction du moment où le personnel a sevré les chiots.

Cliquez sur SID pour sélectionner la portée que je souhaite ajouter et sevrer. Sélectionnez l'action déroulante, ajoutez des souris, sélectionnez des mâles, ajoutez le nombre total de chiots dans la portée. Sélectionnez modifier les chiots. Sélectionnez les hommes qui deviendront des femmes, choisissez de modifier le sexe, sélectionnez une femme, postulez et restez. Ajoutez un numéro de balise pour démarrer la séquence, cochez toutes les cases, appliquez et restez. Sélectionnez l'action, sevrez les chiots, cliquez sur le calendrier et choisissez la bonne date. Dans le capot j'ouvre les cages, étiquette et clip les souris. Les clips vont dans les tubes que j'ai étiquetés. Terminé. Sélectionnez appliquer et déplacer. Les souris sont correctement mises en cage. C'est fait, j'adore le fait que le système ait une valeur par défaut pour la mise en cage et qu'il soit suffisamment intuitif pour mettre en cage mes souris de manière uniforme, exactement comme je le ferais en réalité, très cool. Prochaine série de cages à marquer. Répétez les étapes ci-dessus.

Scénario #3

C'est formidable de pouvoir planifier la reproduction et le flux de travail à partir de l'endroit où nous choisissons

J'utilise SoftMouse lorsque j'effectue mon travail mais je ne suis pas entré dans les détails que ma collègue qui gère / assiste mon flux de travail pour ses 14 lignes de souris depuis le confort de son salon. Surtout le jeudi et le lundi matin avec un ordinateur portable connecté à SoftMouse et un café à côté d'elle. Je ne peux pas avoir de nourriture ou de boisson dans le laboratoire ou dans les pièces de ma maison de souris, c'est donc formidable de pouvoir planifier l'élevage et le flux de travail à partir de l'endroit où nous choisissons. SoftMouse est disponible 24h/24 et 7j/7 et comme je suis dans les colonies de maisons de souris toute la semaine, les données sont toujours à jour. Aussi proche que possible du temps réel.

Scénario #4

Comment j'utilise SoftMouse BD?

Je suis connecté à SoftMouse tous les lundis, mardis et mercredis de 9h30/10h00 à 15h00/15h30. Je suis dans le système chaque jour sous au moins deux noms d'utilisateur par jour. J'utilise quotidiennement la plupart des aspects de SoftMouse et vérifie les mises à jour de mes collègues du système à l'aide des filtres.


SoftMouse BD Solution de gestion des colonies de souris

La plate-forme de recherche Web et les technologies habilitantes d'Iseehear complètent les avancées de la recherche pharmaceutique et génomique et facilitent la capture, la protection et le stockage des données de recherche et précliniques.

Le produit phare d'Iseehear, SoftMouse BD, est un logiciel Web d'élevage de souris et de maintenance des colonies conçu pour les chercheurs précliniques afin de leur permettre d'augmenter l'efficacité et la productivité dans la gestion de leurs lignées, cages et expériences liées à la souris.

La souris douce BD Le système de tenue de dossiers fournit des fonctionnalités de base conçues pour les organisations de recherche de classe mondiale qui mènent des expériences sur des modèles de souris et des expériences précliniques dans un large éventail de domaines de recherche en sciences de la vie, notamment l'oncologie, la neurologie, la recherche sur les cellules souches, les maladies infectieuses et la gestion de la douleur chronique.

  1. Suivi de la reproduction et de l'entretien des colonies de souris
  2. Enregistrement transparent des expériences sur souris
  3. Accès, stockage et sauvegarde sécurisés des données sur le Web
  4. Rationalisation des informations sur les colonies de souris
  5. Réduction significative des besoins de maintenance informatique
  6. Augmentation globale de l'efficacité de la recherche et de l'allocation du temps

Iseehear propose un système hautement configurable et basé sur les rôles qui aidera à garantir que la gestion de la recherche est plus réactive aux besoins du chercheur principal et que les données appropriées sont fournies aux bonnes personnes au bon moment, résultant en un efficacité accrue et réduction des coûts.

Le produit phare d'Iseehear, SoftMouseBD, est un logiciel Web d'élevage de souris et de maintenance des colonies qui est idéalement conçu pour les chercheurs universitaires et les groupes de laboratoires, pour leur permettre d'augmenter l'efficacité et la productivité dans la gestion de leurs lignées, cages et expériences liées à la souris.


Gestion des colonies de souris

Les paramètres ci-dessous correspondent à la majorité des souches courantes de souris, mais notez que la reproduction de souris peut être très spécifique à la souche. Obtenez des informations auprès de quelqu'un qui a de l'expérience avec une variété particulière dans la mesure du possible.

âge à la maturité sexuelle : 5-8 semaines
durée de vie reproductive : 7-12 mois
cycle oestral : 4-5 jours
période de gestation : 19-21 jours
taille moyenne de la portée : 6-8 chiots
Âge minimum au sevrage : environ 18-28 jours
l'âge du sevrage est spécifique à la souche Les souris C57BL/6 se développent plus lentement et nécessitent généralement un âge de sevrage de 24 à 28 jours.

Système d'enregistrement d'élevage de souris : la carte d'éleveur

Les souris peuvent être appariées à l'âge de 6 à 8 semaines. Lorsque les animaux sont appariés pour la première fois, créez une "carte d'éleveur" qui comprend un numéro unique à l'appariement de ces deux animaux. Inscrivez le numéro unique dans le coin supérieur droit de la carte d'éleveur. Ce nombre est dans l'ordre de comptage séquentiel à partir de 1. Utilisez un ensemble séparé de nombres par souche, de sorte que vous puissiez rapidement jeter un coup d'œil au nombre le plus élevé et savoir combien de couples reproducteurs vous avez d'une souche donnée.

Notez ce qui suit sur chaque carte d'éleveur :

Date appariée - les souris dattes sont appariées pour la reproduction
Date de séparation - s'il est séparé, la date du mâle est retirée de la cage de la femelle
DDN - enregistrez la date de naissance des chiots nés

  1. Né - nombre total de chiots nés (aide à suivre la productivité du couple)
    ♂ - nombre de mâles qui ont survécu au moment du sevrage (facultatif)
    ♀ - nombre de femelles ayant survécu au sevrage (facultatif)
    Date de sevrage - date à laquelle la portée a été sevrée

Répétez les étapes pour chaque portée née.

Quand remplacer les éleveurs

lorsque les souris ne produisent pas de portée dans les 8 semaines suivant l'accouplement ou dans les 8 semaines suivant la dernière portée
quand les souris n'élèvent pas 2-3 portées consécutives
lorsque la taille de la portée diminue rapidement pendant 2 portées consécutives

La liste de contrôle des performances d'élevage de souris RARC peut être utilisée pour identifier les problèmes potentiels dans votre colonie.

Calendrier de gestion des colonies de souris

Pour créer un calendrier de gestion des colonies de souris :

Services d'information sur l'élevage

Suivez le cours Mouse Breeding Colony Management via la formation RARC

BRMS Mouse Breeding Core Colony Management peut vous fournir des colonies de reproduction de souris fiables, économiques et efficaces pour soutenir des projets de recherche.

Génotypage et identification
Voir la politique UW -4096, Génotypage des souris et des rats

Transnetyx est une société de diagnostic moléculaire qui propose un système de génotypage automatisé pour les souches de souris transgéniques, knock-out et knockin.


Vitesse Congénique

Économisez jusqu'à un an et demi d'élevage en examinant la génétique de base de vos animaux de recherche et en sélectionnant ceux avec le pourcentage le plus élevé de l'arrière-plan souhaité.

L'analyse Speed ​​Congenics fournit un pourcentage de l'arrière-plan préféré et un nombre approximatif de génération, ainsi qu'une recommandation de ces animaux à utiliser pour le prochain cycle de reproduction. Utilisation d'une stratégie de sélection congénique assistée par marqueurs pour produire des souris congéniques avec une pureté génétique de la souche receveuse supérieure à 99 % en moitié moins de temps (5 générations 1,25-1,5 ans) au lieu des 10 générations standard, ce qui peut prendre 3 ans ou plus.


Atelier de gestion des colonies de souris du Jackson Laboratory (JAX)

Résumé de l'atelier
Les souris transgéniques avec des suppressions de gènes ciblées sont essentielles pour la recherche biomédicale, à la fois pour comprendre la fonction des gènes et pour modéliser les maladies humaines. La génération de souris transgéniques et knock-out est techniquement difficile, mais également, les soins de ces animaux et le maintien des stocks sont une pratique vétérinaire spécialisée nécessitant une formation avancée. Ce cours magistral de 3 jours vise à fournir un aperçu de la gestion des colonies de souris pour la recherche biomédicale avancée.

Le cours fournira une formation sur la théorie et la pratique du maintien des colonies de souris pour la production et la recherche. Le programme est conçu pour les scientifiques, les gestionnaires de colonies, les techniciens en soins aux animaux et les étudiants nécessitant une compréhension des problèmes liés à la gestion des colonies de recherche et de production animales.

Les sujets incluent :

  • Génétique de la souris et technologie transgénique
  • Nomenclature des gènes et des souches
  • Stratégies d'élevage
  • Effets du fond génétique sur le phénotype
  • Biologie de la reproduction de la souris de laboratoire
  • Utiliser les technologies de procréation assistée (ART)
  • Cryoconservation
  • Santé de la colonie
  • Importation
  • Se remettre des épidémies
  • Construction et entretien d'une colonie de production
  • Nutrition
  • Contrôle de la qualité génétique
  • Ressources publiques pour les chercheurs sur la souris
  • La technologie Cre-LOX dans les modèles murins de maladies
  • Logiciel informatique JAX Colony Management System (JCMS)

Affiche et horaire de l'atelier

Pour l'affiche, veuillez cliquer ici – télécharger l'affiche
Pour un programme détaillé des ateliers, veuillez cliquer ici – télécharger le programme

Détails d'inscription

Frais d'inscription:
Étudiants: Rs.2000
Post-docs/Faculté : Rs. 6000
Non-universitaires/Industrie : Rs. 10 000

Les frais d'inscription couvriront l'accès à toutes les sessions scientifiques, les déjeuners et dîners officiels, le thé et les collations, la papeterie et le matériel de cours. Un hébergement en colocation sera également proposé. Veuillez noter que les places sont limitées et seront offertes selon le principe du premier arrivé, premier servi. Si l'inscrit doit chercher ou désirer un logement en chambre individuelle, il doit rester hors site et se déplacer jusqu'au cours. Aucune réduction des frais d'inscription ne peut être faite pour l'hébergement hors site.

Formulaire d'inscription et soumission

Pour vous inscrire, veuillez télécharger le formulaire d'inscription ci-dessus, remplir et envoyer une copie papier avec le paiement approprié par courrier à :

À l'attention de : Mme Archana Jain
L'Institut de biologie des cellules souches et de médecine régénérative (InStem)
Centre National des Sciences Biologiques (NCBS-TIFR)
Poste G.K.V.K, chemin Bellary
Bangalore 560065, Inde.

Pour que les formulaires d'inscription nous parviennent par le 10 février, veuillez également envoyer votre formulaire d'inscription en pièce jointe à archanaj[at]ncbs.res.in et ambikan[at]ncbs.res.in.

Les inscrits retenus et non retenus seront avisés par le 21 février afin que ceux de l'extérieur de Bangalore puissent également finaliser leurs plans de voyage pour le cours.

Les brouillons à la demande qui ont été reçus des candidats non retenus, nous serons renvoyés après la 21 février.

Il y a une limite de 75 personnes et l'atelier devrait être en demande, donc l'inscription précoce est encouragée.

LA DATE LIMITE D'INSCRIPTION EST LE 10 février 2011

Contact pour les demandes d'inscription : archanaj [at] ncbs.res.in et ambikan[at]ncbs.res.in

Détails de paiement

Le paiement doit être effectué UNIQUEMENT par traite bancaire à vue (DD) payable à Bangalore à « The Institute for Stem Cell Biology and Regenerative Medicine ».


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